Leonberginkoiran lonkille BLUP-indeksi

Julkaisupvm: 1.1.2013

MMT, jalostusagronomi Katariina Mäki on laskenut leonberginkoiralle lonkkien BLUP-indeksin. Aineisto on toimitettu Kennelliitton missä se laitetaan jalostustietojärjestelmään.


Tässä vaiheessa BLUP-indeksit eivät tuo muutosta rotujärjestön jalostusohjesääntöön vaan sen toivotaan antavan kasvattajille lisää tietoa tämän ominaisuuden osalta ja siten auttavan heitä käytännön jalostustyössä. Jalostustoimikunta pyrkii saamaan ensi syksyn kasvattajapäivälle, jonkun asiaan vihkiintyneen henkilön luennoimaan aiheesta. Kasvattajapäivän jälkeen voimme aloittaa keskustelun ja tehdä päätöksen siitä miten BLUP-indeksi mahdollisesti muuttaa jalostusohjesääntöä. 

Alla kohtia Katariina Mäen kirjoittamasta artikkelista: BLUP-indeksejä lasketaan jo 17 rodulle. Lähdeartikkeli löytyy kokonaisuudessaan Kokonaisvaltaisen Koiranjalostus Tuki ry:n kotisivuilta (www.koiranjalostus.fi) ja sieltä kohdasta artikkelit. Kohdat julkaistu Katariina Mäen luvalla.
 

Mikä BLUP-indeksi on?

BLUP-indeksi on tietyn aineiston perusteella laskettu arvio koiran perintötekijöistä jonkin ominaisuuden suhteen, eli se ennustaa mikä on koiran arvo jalostuseläimenä kyseisessä ominaisuudessa. BLUP-indeksejä lasketaan Suomen Kennelliitossa ja Suomen Ajokoirajärjestössä 17 rodun lonkka- ja/tai kyynärnivelen kasvuhäiriöille.
 

Miten indeksi lasketaan?

Indeksi lasketaan ns. BLUP-eläinmalli –menetelmällä (BLUP = Best Linear Unbiased Prediction). Menetelmässä otetaan huomioon jokaisen eläimen tulokseen vaikuttaneita ympäristötekijöitä, eli koirien tuloksista poistetaan regressioanalyysin avulla kasvattajien, syntymävuosien, sukupuolten, pentueiden sekä kuvien arvostelijoiden välisiä eroja. Koiran kuvausikäkin otetaan huomioon. Nämä huomioitavat tekijät ovat kaikilla roduilla samat. Indeksiin vaikuttavat myös eläimen oman tuloksen ohella kaikki sen sukulaistulokset, jotka löytyvät Kennelliiton tietokannasta.
 

Miten indeksiä tulkitaan?

Kunkin rodun indeksien keskiarvo on 100. Se tarkoittaa, että rotuun nähden jalostusarvoltaan keskiarvoinen koira saa tuloksen 100. Alle sadan koira on huonompi ja yli sadan koira parempi kuin aineistossa olevat rodun yksilöt keskimäärin. Mitä suurempi indeksi on, sitä parempi koiran geneettinen taso on.

Indeksit vaihtelevat yleensä välillä 65-135. Joitakin erityisen hyvän tai erityisen huonon indeksin saaneita koiria on vielä näiden rajojen ulkopuolellakin. Laskentaohjelma antaa prosenttiosuuden sille, kuinka suurella osalla koirista on parempi indeksi kuin 110, ja kuinka suurella osalla huonompi kuin 90. Ohjelma ilmoittaa myös prosenttiosuudet 10 %:n rajalle hyvässä ja huonossa päässä, eli mitä indeksilukemaa huonompia ovat enää 10 % rodun koirista, ja vastaavasti mitä indeksilukemaa  parempia ovat enää 10 % rodun koirista. Nämä koko rotua koskevat tiedot saadaan ohjelmasta indeksien ohella. Karkeana arviona voidaan todeta välille 90-110 sijoittuvan noin 70 % koirista ja välille 80-120 noin 95 % koirista. Siten parempi indeksi kuin 120 on enää noin 2,5 %:lla koirista.

Käytännön jalostusvalintaa voidaan tehdä indeksien perusteella valitsemalla yhdistelmiä, joissa nartun ja uroksen indeksien keskiarvo on parempi kuin koko rodun keskiarvo, eli yli 100. Tämä yhdistelmän keskiarvo vastaa suunniteltujen pentujen indeksien odotusarvoa.

Miten sukusiitosaste vaikuttaa indeksiin? Tiputtavatko riskipentueet vanhempiensa indeksin siinä missä tavallisenkin pentueen huono tulos?

Sukusiitetyn pennun vanhempien taso lonkissa ja kyynärpäissä vaikuttaa pennun indeksiin enemmän kuin sukusiittämättömän. Riippuu vanhempien geneettisestä tasosta, mihin suuntaan sukusiitetyn pennun indeksi painottuu. Vaikutus menee tietysti myös toisin päin, eli sukusiitettyjen pentueiden taso vaikuttaa vanhempien indekseihin enemmän kuin sukusiittämättömien.


Mitkä koirat saavat indeksin?

Koiran täytyy olla jonkun kuvatun koiran sukupuussa takanapäin, tai sillä itsellään täytyy olla tulos, jotta se saa indeksin.


Ovatko kaikkien koirien indeksit yhtä varmoja?

Arvosteluvarmuus vaihtelee välillä 0-100 % (tai 0-1). Yhden oman tuloksen varmuus koiran jalostusarvon kuvaajana on periytymisasteen neliöjuuri. Periytymisasteen ollessa esimerkiksi 0,30 on koiran jalostusarvostelun varmuus pelkän oman kuvaustuloksen perusteella 55 %.

Koiran indeksiin vaikuttaneiden lähisukulaisten määrä vaikuttaa periytymisasteen ohella indeksin varmuuteen. Mitä enemmän koiralla on tutkittuja lähisukulaisia, sitä varmempi indeksi on. Laskentakaavat eri sukulaistulosyhdistelmille löytyvät Van Vleckin, Pollakin ja Oltenacun kirjasta Genetics for the Animal Sciences.

Vaikka indeksi on jalostusarvon mittarina koiran ilmiasua varmempi, ei se kuitenkaan tarkoita, että koira, jonka indeksi on 120, saa vain A-lonkkaisia jälkeläisiä. Jokainen koira siirtää vain sattumanvaraisen puolikkaan jalostusarvostaan jälkeläiselleen, jolloin kyseessä voivat olla koiran kaikki hyvät tai kaikki huonot geenit. Useimmiten siirtyvä osuus on kuitenkin tasainen sekoitus koiran kaikista ominaisuuteen vaikuttavista geeneistä.

Epäsuotuisat ympäristötekijätkin voivat saada aikaan kasvuhäiriön sellaisillekin koirille, joilla on vain pieni perinnöllinen alttius kasvuhäiriöihin. Indeksi siis ennustaa vain periytyviä geenejä, eikä kerro tarkkaan jälkeläisten kuvaustuloksia. Indeksimenetelmä voi myös erehtyä yksittäisen koiran kohdalla. Koko rodun koirien indeksit ovat kuitenkin keskimäärin oikeita.

Kun tietoa koirista ja niiden sukulaisista kertyy lisää, indeksejä päivitetään. Yksittäisen koiran indeksi muuttuu laskentakerrasta toiseen, jos siihen aiheen antavaa tietoa koirasta itsestään, sukulaisista ja muista rodun koirista saadaan lisää.

Lonkkavian periytymisaste ja sen keskivirhe, laskennassa olleiden lonkkatulosten lukumäärä ja sukupuuhun linkitetyksi saatujen koirien kokonaismäärä (sisältää myös ne, joilla oma tulos):


Leonberginkoira 0,36 (0,07), tuloksia 1397, sukupuu 2349


Miten on mahdollista, että samaa sukupuolta oleville pentuesisaruksille, joilla ei ole jälkeläisiä ja jotka on kuvattu samassa paikassa, samaan aikaan ja samoilla tuloksilla voi tulla eri indeksit?

Jokaiselle koiralle lasketaan indeksi erikseen. Täytyy muistaa, että indeksi on arvio. Jos se pentuesisaruksilla pysyy muutaman pisteen vaihtelun sisällä, niin indeksit ovat hyvin yhdenmukaisia. Kahden indeksipisteen muutos tarkoittaa lonkkien kohdalla noin viidesosakirjaimen eroa ja kyynärpäiden kohdalla kymmenesosapisteen eroa. Ilmiasun mukaan ajateltuna eroa ei tuolloin juuri ole. Kymmenen indeksipisteen ero on sama kuin yhden kirjaimen ero lonkkien ilmiasussa. Kyynärpäissä taas 20 indeksipistettä vastaa yhden numeron muutosta ilmiasussa.

Teknisesti nämä pienet pentuesisarusten erot johtuvat laskennassa muodostettavien yhtälöryhmien suuresta koosta ja nykytietokoneiden rajallisesta kapasiteetista, joiden takia laskennassa joudutaan käyttämään jossain määrin likiarvoisia menetelmiä. Kyseisellä eläinmalli-BLUP -menetelmällä saadaan joka tapauksessa tämän hetken paras arvio yksilön jalostusarvosta, parempaa menetelmää ei toistaiseksi ole kukaan keksinyt. Menetelmä on kehitetty ja hyväksi todettu tuotantoeläinjalostuksessa, jossa jalostusarvojen mahdollisimman tarkka arviointi on taloudellisesti hyvin tärkeää.


Miksi tuontikoiran indeksi asetetaan suoraan sataan?
 

Koirien indeksejä ei aseteta sataan, mutta ilman omaa tai sukulaistuloksia koira on niin sanottu keskiarvoinen koira. Sillä ei ole aineistossa tietoja, jotka antaisivat olettaa muuta. Kaikki koirat lähtevät laskennassa liikkeelle keskiarvosta, ja mitä enemmän keskiarvosta poikkeavaa tietoa aineistosta niille löytyy, sitä kauemmas niiden indeksi voi sadasta liikkua. Yleensä kaikilla rekisteröidyillä koirilla on Kennelliiton tiedostoissa sukulaisia kolme sukupolvea taaksepäin. Jos tuontikoira pystytään näiden sukulaisten avulla linkittämään suomalaiseen populaatioon, saadaan sille ehkä sukulaistuloksia. Muussa tapauksessa indeksi lasketaan vain oman tuloksen perusteella, jos tulos on merkitty Kennelliiton tietokantaan.

Tällä hetkellä tuontikoirien indeksit kannattaa katsoa niiden kotimaan laskennasta, jos sellainen on olemassa. Ulkomaisia indeksejä ei saa siirrettyä Suomen laskentaohjelmaan, koska lähtötietoina kaikissa indeksiohjelmissa käytetään fenotyyppituloksia, ei indeksejä.

Viimeksi muokattu: 30.12.2015 22:46